Когато трюфелите са донесени от горите, те са изцяло покрити с пръст. Всички трюфели трябва да бъдат почистени от почвата по тях за да се предпазят от влошаване. Трюфелите трябва да са абсолютно чисти, преди да се съхранят.
Някои хора са против премахването на почвата прикрепена към трюфелите и решават да ги съхраняват непочистени. Това не е разумно, тъй като в почвата може да има микроби и плесен или дори насекоми, които могат да навредят на трюфелите или замърсяват други хранителни елементи, съхранени в близост до тях. Ако купите непочистени трюфели, вие винаги трябва да ги проверявате за вероятните признаци на загниване.
Преди консумация трюфелите трябва да се мият само със студена вода. Целият процес на почистване трябва да се направи много внимателно, тъй като някои трюфели имат деликатни кори, които се белят много лесно. Използва се само ръчна четка със средно твърд косъм и малък остър нож със заоблен връх. Първо се накисват във вода за около 30 минути, за да се отслаби полепналата почва. След това с четката с въртеливи движения се премахва вече омекналата пръст. Когато измиването е завършило, трюфелите се оставят да се отцедят за още един час и след това се подсушават старателно с кърпа.
