Când trufele sunt aduse din păduri, acestea sunt acoperite complet cu pământ. Toate trufele trebuie curățate de pământ pentru a preveni deteriorarea. Trufele trebuie să fie absolut curate înainte de a fi depozitate.
Unii oameni sunt împotriva îndepărtarii pământului atașat trufelor și aleg să le depoziteze necurățate. Acest lucru nu este înțelept, deoarece solul poate adăposti microbi și mucegai sau chiar insecte care pot dăuna trufelor sau pot contamina alte alimente depozitate în apropierea lor. Dacă cumpărați trufe nedecojite, ar trebui să le verificați întotdeauna pentru posibile semne de degradare.
Inainte de consum, trufele trebuie spalate numai cu apa rece. Întregul proces de curățare trebuie făcut cu mare atenție, întrucât unele trufe au coaja delicată care se decojește foarte ușor. Se folosește doar o perie de mână cu peri medii rigidi și un cuțit mic ascuțit, cu vârful rotunjit. Mai întâi sunt înmuiate în apă timp de aproximativ 30 de minute pentru a slăbi solul care aderă. După aceea, degetul deja înmuiat este îndepărtat cu peria folosind mișcări de rotație. Când spălarea este completă, trufele se lasă la scurs încă o oră și apoi se usucă bine cu un prosop.